رهبر معظم انقلاب اسلامی در دیدار و گفتگو با اساتید، فضلا و طلاب نخبه حوزه علمیه قم، علم را هویت حقیقی حوزه‌های علمیه خواندند و با اشاره به لوازم پایبندی عملی به این بافت علمی، نکات مهمی را در باب ضرورت استقبال حوزه ها از سؤال و شبهه، آزاداندیشی و دوری از تحجر، اعتماد به نفس علمی، تکیه بر روشهای منطقی و عقلانی در برخورد با آرای مخالف، نیاز حوزه ها به رشته های مختلف، نظام اخلاق و تربیت حوزه و ضرورت دشمن شناسی بیان کردند.
حضرت آیت الله العظمی خامنه ای استقبال طرح سؤال و شبهه را از جمله لوازم پایبندی حوزه ها به هویت علمی دانستند و افزودند: علم، پرسش زا و پرسش آفرین است و مجموعه های علم محور از جمله حوزه، باید با روی باز با سؤال و شبهه و ابهام روبه رو شوند. ایشان در عین حال، برخی اظهارنظرها درباره نبودن فضای آزادی و نقادی در حوزه را تهمتی بزرگ برشمردند و افزودند: آزاداندیشی جاری در حوزه از قبل نیز بیشتر است اما این آزاداندیشی باید در سطوح مختلف گسترش و تعمیق یابد و اهل فکر در همه رشته‌ها، همه گونه آراء و افکار خود را آزادانه بیان کنند.
حضرت آیت الله العظمی خامنه ای خودباوری و اعتماد به نفس علمی را از دیگر لوازم استمرار هویت علمی حوزه ها دانستند و ارتباط فعال با جامعه علمی و ملی و جامعه فراملی را از دیگر ضروریات حفظ بافت علمی حوزه برشمردند و افزودند: حوزه قم با دانشگاه‌ها و دیگر حوزه های کشور و حوزه های جهان اسلام، ارتباط منضبط علمی داشته باشد و استفاده از وسائل نوین ارتباط جمعی، می تواند این ارتباطات را تسریع و تسهیل کند.
معظم له مخالفت با سرکوب آراء را از دیگر سنت‌های پویا و زیبای حوزه ها خواندند و افزودند: در حوزه‌ها برای رد نظر مخالف از روشهای غیرعلمی استفاده نشود. رهبر انقلاب اسلامی با اشاره به بروز عرصه ها و وسائل جدید و تأثیرگذار در افکار عمومی داخل و خارج، خاطرنشان کردند: امکان بروز مستمر افکار و شبهات گوناگون، وظایف حوزه را بسیار سنگین تر و توجه حوزه به رشته های جدید و متنوع را ضروری ساخته است که باید برای این کار برنامه ریزی شود. ایشان جذب بیشتر افراد مستعد و مشتاق به حوزه ها را لازم دانستند و با اشاره به اقدامات مثبت و مهمی که در حوزه علمیه قم انجام شده افزودند: مدیریت متین و قابل قبول کنونی که تأیید مراجع معظم را نیز داراست در انجام این اقدامات کاملاً مؤثر بوده است. رهبر انقلاب اسلامی با تأکید بر پرهیز از تضعیف شورای عالی و مدیریت حوزه افزودند: همه مراقب باشند که نهادهای عمیق و ریشه داری چون جامعه مدرسین تضعیف نشوند.
رهبر انقلاب اسلامی خاطرنشان کردند: علوم انسانی، علومی لازم و ضروری است به شرط اینکه براساس جهان بینی اسلامی شکل گرفته باشد. رهبر انقلاب اسلامی تأکید کردند: حوزه علمیه با آشنایی با علوم انسانی رایج، علوم انسانی مبتنی بر جهان بینی و تفکرات اسلامی را تدوین کند.
رهبر معظم انقلاب در دیدار اعضای موسسه آموزشی پژوهشی امام خمینی نیز با تجلیل از فضل و اخلاص و تقوای آیت الله مصباح یزدی تاکید کردند: این موسسه خوب، جامع و کامل می تواند از لحاظ تلاش پیگیر، خستگی ناپذیر، خالصانه و عالمانه الگویی برای حوزه باشد.
ایشان همچنین در دیدار با طلاب و فقهای غیر ایرانی توجه به «امت اسلامی» را درس بزرگ و ماندگار امام خمینی(ره) برای ملت ایران و مسئولان نظام برشمردند و افزودند: انقلاب اسلامی، از همان آغاز، رهایی امت اسلامی از دست استکبار را دنبال می کرد و به همین علت با پیروزی انقلاب اسلامی در ایران، همه ملتهای مسلمان در شرق و غرب عالم احساس کردند نسیمی حیات بخش در زندگی آنها وزیدن گرفته و راهی نو آغاز شده است.
حضرت آیت الله العظمی خامنه ای حضور طلاب دهها کشور در قم را، هسته اولیه جامعه بین المللی علمی- اسلامی برشمردند و خاطرنشان کردند: آشنایی متقابل با فرهنگهای ملل مختلف، به موازات فراگیری علوم سعادت بخش اسلامی، فرصت بزرگی است که باید آن را قدر شناخت.
